Регулярне технічне обслуговування мембран MBR вимагає постійного керування, як правило, щогодини або щодня. Наприклад, системи аерації повинні працювати 24 години на добу, щоб запобігти накопиченню мулу на поверхні мембрани. Під час роботи виконується періодична онлайн-промивка, як правило, кожні кілька хвилин до десятків хвилин, щоб підтримувати стабільний потік мембрани. Цей етап є безперервним обслуговуванням і не передбачає простою.
Регулярне технічне обслуговування зазвичай проводиться щотижня або щомісяця. Інтенсивне зворотне промивання або відновлювальне очищення виконується приблизно кожні 1–4 тижні для видалення поступово накопичених органічних забруднювачів і твердих частинок. Якщо система працює з низькою якістю води або високим навантаженням, частота технічного обслуговування буде збільшена, щоб запобігти постійному зростанню трансмембранного перепаду тиску (TMP).
Глибоке технічне обслуговування та хімічне очищення зазвичай проводяться кожні 3–6 місяців. Хімічне очищення (CIP) використовує такі засоби, як гіпохлорит натрію та лимонна кислота, для видалення необоротних забруднень. Для систем з кращими умовами експлуатації цикл можна подовжити до 6–12 місяців або навіть довше. Розумні цикли технічного обслуговування можуть значно подовжити термін служби мембранного біореактора та підтримувати стабільну продуктивність стоків.